2022年3月17日，业务部接到江苏省某大学客户的计算需求。接到反馈后，第一时间与客户进行详细沟通，情况如下：

客户背景

客户是江苏省某大学的博士，之前在和我们合作多次，这次其临近毕业，需要对其课题进行深入分析研究，与本司达成合作。其要对多糖降解菌的新型麦芽五糖进行深入研究，探究温度对SdG5A产物特异性和持续性的影响机制。

样品名称

多糖降解菌(Saccharophagus degradans)的新型麦芽五糖生成酶 (简称SdG5A)

客户需求

其研究目的如下：

研究以来源于SdG5A 为研究对象，构建了新型的SdG5A枯草芽孢杆菌表达体系，能够实现其高效、稳定、安全表达，并重点研究了重组SdG5A的酶学性质，发现了SdG5A的冷适性和产物特异性。随后利用RoseTTAFold软件，成功预测了SdG5A的结构模型。在结构基础上通过结构分析、分子对接和分子动力学模拟 (molecular dynamics simulation，简称MD)，锁定了SdG5A的催化结构域、底物结合口袋及关键的无规则卷曲结构域，阐明了这些结构特征与冷适性和产物特异性之间的关系，为后续的酶分子理性设计提供参考。

解决方案

首先利用 Maestro 软件对初始 SdMFA 的结构模型进行优化处理，并利用 3D builder 模块对侧链缺失的氨基残基进行修复，选择 OPLS4 力场进行能量最小化处理。底物小分子化合物利用 LigPrep 进行能量最优化 处理，力场为 OPLS4，共生成 32 个构象。分子动力学模拟软件为 Desmond，首先体系构建，溶剂模型选择 TIP3P，盒子 为正交晶系(Orthorhombic)，盒子大小 10×10×10，添加 NA+平衡电荷，力场选择 OPLS4 进行体系构建。

客户反馈

客户对数据结果非常满意，通过分子动力学模拟，结果能够非常好的契合其研究目的，已协助其完成博士论文答辩，之后会继续合作。