2021年12月10日，客服中心反馈国内某研究所老师需要对其实验现象进行机理分析，接到反馈后，测试工程师第一时间与客户进行详细沟通，情况如下：

客户背景

客户是国内某研究所老师，其实验中发现两个多肽协同发挥作用，能够抑制李斯特氏菌的生长，单独作用没有抑菌活性，推测两个多肽协同作用于细胞膜。想通过分子动力学模拟，分析这两个多肽是如何协同作用的，是否插入到细菌的细胞膜从而发挥抑菌作用，然后主动和我们沟通确认计算需求。

样品名称

多肽 Plantaricin S

客户需求

1.两个多肽协同发挥作用，能够抑制李斯特氏菌的生长，单独作用没有抑菌活性，推测两个多肽协同作用于细胞膜。想通过分子动力学模拟，分析这两个多肽是如何协同作用的，是否插入到细菌的细胞膜从而发挥抑菌作用。

2.解析两个多肽协同发挥作用对细胞膜脂质双分子层的破坏作用。是否插入膜中，是否穿过膜，穿过细胞膜的时间，以及两个多肽之间的距离。

3.同时想知道，两个多肽是反向平行作用效果好 还是正相平行效果好。

4.预期结果，既有两个多肽进入细胞膜的模型，又有两个多肽结合的模型。

解决方案

在本项目中，我们共计研究2个多肽分子体系，所对应的氨基酸序列，如下所示：

多肽 Plantaricin S，抑制致病菌的生长

β：KKKRGFWYHVGDAVTSFGRGFASAFG

α：RNKMAYNVGKAISRIMRRVR

利用UCSF Chimera构建 Plantaricin S对应α和β多肽，构建过程中，保持两条多肽为标准alpha螺旋结构；

为了研究多肽α与多肽β之间相互作用模式，对其进行多肽-多肽对接。对接软件：Rosetta。对接程序对配体在 Box 范围内进行构象搜索(conformational search)，最后根据配体的不同构象(conformation)，方向(orientation)、位置(position)及能量(energy)进行评分(scoring)，并最终对结果进行排序(ranking)。

客户反馈

客户对数据结果非常满意，无论计算得到的数据还是我们提供的分析报告都非常专业严谨，客户表示此结果发表文章中会注明我们公司贡献，对我们的努力致谢！