2022年1月2日，本人接到西北某大学同学的计算需求，接到反馈后，第一时间与客户进行详细沟通，情况如下：

客户背景

客户是西北某大学的一位学生，其想得没食子酸、儿茶素、金丝桃苷、槲皮苷、积雪草酸、齐墩果酸、熊果酸、金丝桃苷、科罗索酸、α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶、胰脂肪酶、胆固醇脂酶之间的相互作用图，包括小分子与受体蛋白的结合位点，以什么方式结合在蛋白质的哪一个氨基酸上。能够得到活性成分与相应酶的结合位点的氨基酸组成，以及结合的方式。

样品名称

没食子酸、儿茶素、金丝桃苷、槲皮苷、积雪草酸分别和α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶

客户需求

其研究目的如下：

应用分子对接技术，推测单体成分没食子酸、儿茶素、金丝桃苷、槲皮苷、积雪草酸分别和α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶之间可能的结合位点。

推测单体成分齐墩果酸、熊果酸、金丝桃苷、科罗索酸和胰脂肪酶之间可能的结合位点。

推测单体成分齐墩果酸、熊果酸、科罗索酸和胆固醇脂酶之间可能的结合位点。

解决方案

1.受体结构准备

从PDB数据库中下载3a4a.pdb、1ua7.pdb、1eth.pdb、7cof.pdb结构文件。酿酒酵母α-葡萄糖苷酶PDB：3a4a.pdb，芽孢杆菌α-淀粉酶PDB：1ua7.pdb，猪胰腺-胰脂肪酶PDB：1eth.pdb，假单胞菌胆固醇脂酶PDB：7cof.pdb。用pymol对4个结构文件进行预处理得到初始结构，初始结构用AutoDock Tools 1.5.6 进行处理，计算Gaseigter电荷，并生成pdbqt文件用于分子对接。蛋白结构如下图：

2.配体结构准备

利用ChemBioDraw生成分子的2D文件，用ChemBio3D生成分子的PDB文件。在ChemBio3D中用MM2方法对小分子进行能量最小化，用于后续的分子对接，采用AutoDock Tools 1.5.6处理配体结构，生成pdbqt文件用于对接。

客户反馈

客户对数据结果满意，无论计算得到的数据还是我们提供的分析报告，以及后续的答疑都非常清晰严谨。