分子动力学模拟——复达客户检测案例
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538 022年1月15日，接到某农业大学，动物医学院老师的计算需求，接到反馈后，第一时间与客户进行详细沟通，情况如下：
客户背景
客户是某农业大学的一位老师，其想得到白屈菜红（Chelerythrine）与大肠杆菌细胞膜和金黄色葡萄球菌细胞膜之间的分子动力学过程。进而分析白屈菜红在这两种细胞膜相互作用力，氢键作用等。
样品名称
白屈菜红（Chelerythrine）、大肠杆菌细胞膜模型（脂质占比）:PE：75%、PG：20%、CL：5%
金黄色葡萄球菌细胞膜模型（脂质占比）：PG：57%、LPG：38%、CL：5%
客户需求
其研究目的如下：
（1）CHE与两种细菌细胞膜之间的分子动力学过程。
（2）模拟过程中两者的结合作用力分析。
（3）模拟过程中CHE的结构变化分析。
解决方案
使用CHARMM-GUI中Bilayer Builder模块构建大肠杆菌细胞膜和金黄色葡萄球菌细胞模型，大肠杆菌细胞膜磷脂双分子层组成：POPE：POPG：POCL1=75%：25%：5%，磷脂双分子层含有150个POPE分子、40个POPG分子、10个POCL1分子，水分子数为8373个。金黄色葡萄球菌细胞膜磷脂双分子层组成：POPG：PLPG：POCL1=57%：38%：5%，磷脂双分子层含有114个POPG分子、76个PLPG分子、10个POCL1分子，水分子数为9149个。初始模拟盒子的xy轴边长为80? * 80?，z轴长度由水的厚度决定。体系顶部和底部最低水位设置为22.5?。体系中的净电荷通过KCL 中和，盐浓度为0.15。力场采用charmm36。
客户反馈
客户对数据结果满意，无论计算得到的数据还是我们提供的分析报告，以及后续的答疑都非常清晰严谨。
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